“数理时空”学术论坛第十六讲

讲座题目：考虑肿瘤纯度的差异甲基化分析方法

时间：2019年10月5日（周六）9：00

地点：西校区理学楼417会议室

报告人：郑小琪

报告人简介：

郑小琪，上海师范大学数理学院教授，博士生导师。主要从事统计学习和计算生物学领域的研究。2008年至今，已经在 Genome Biology, PLos Computational Biology, Bioinformatics 等杂志发表论文 50 余篇，其中第一或通讯作者 37 篇，累计影响因子超过 200。主持国家自然科学基金青年项目1项，面上项目2项。目前担任 SCI 杂志 Computational and Mathematical Methods in Medicine 的编委。

讲座内容：

识别出具有不同基因型或表型的肿瘤样本之间的差异甲基化位点是研究肿瘤发生、发展的表观遗传机理及发现癌症亚型标志物的关键步骤。然而，如果两组肿瘤样本间的肿瘤纯度分布不均匀，常规的分析方法会导致差异甲基化位点识别的偏差。本次报告中，我们提出一种修正肿瘤纯度因素的差异甲基化分析方法，InfiniumDM。该方法具有计算简单，适用范围广的优点，无论实验设计中是否存在对照样本，正常细胞的来源是否一致，我们的方法均能取得较好的效果。通过数据模拟的结果可以看出，相较于传统的差异甲基化分析方法（如minfi, limma和limma+purity），该方法在不同的差异甲基化阈值、样品大小、平均纯度偏差等方面均有较好的检测效果。此外，我们还将该方法应用于TCGA数据库中的乳腺癌样本，进一步评估了其性能。总体而言，无论是模拟实验还是实际数据分析上，该方法都取得了较好的性能。

欢迎广大师生参加！

理学院

2019年09月24日